Hochmodulare Struktur und Ligandenbindung durch “Conformational Capture” in einem minimalistischen RNA-Schalter†
Elke Duchardt-Ferner Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz (BMRZ), Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland), Fax: (+49) 69-798-29527
Search for more papers by this authorJulia E. Weigand Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland)
Search for more papers by this authorOliver Ohlenschläger Dr.
Leibniz-Institut für Altersforschung (Fritz-Lipmann-Institut), Biomolekulare NMR-Spektroskopie, Beutenbergstraße 11, 7740 Jena (Deutschland)
Search for more papers by this authorSina R. Schmidtke
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz (BMRZ), Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland), Fax: (+49) 69-798-29527
Search for more papers by this authorBeatrix Suess Prof. Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland)
Search for more papers by this authorJens Wöhnert Prof. Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz (BMRZ), Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland), Fax: (+49) 69-798-29527
Search for more papers by this authorElke Duchardt-Ferner Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz (BMRZ), Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland), Fax: (+49) 69-798-29527
Search for more papers by this authorJulia E. Weigand Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland)
Search for more papers by this authorOliver Ohlenschläger Dr.
Leibniz-Institut für Altersforschung (Fritz-Lipmann-Institut), Biomolekulare NMR-Spektroskopie, Beutenbergstraße 11, 7740 Jena (Deutschland)
Search for more papers by this authorSina R. Schmidtke
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz (BMRZ), Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland), Fax: (+49) 69-798-29527
Search for more papers by this authorBeatrix Suess Prof. Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland)
Search for more papers by this authorJens Wöhnert Prof. Dr.
Institut für Molekulare Biowissenschaft, Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz (BMRZ), Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt, Max-von-Laue-Straße 9, 60438 Frankfurt (Deutschland), Fax: (+49) 69-798-29527
Search for more papers by this authorDiese Arbeit wurde unterstützt durch die Aventis-Foundation durch die Einrichtung zweier Stiftungsprofessuren für Chemische Biologie (B.S. und J.W.), die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) (WO 901/1-2, SU 402/4-1) und das Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz (BMRZ) der Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt.
Graphical Abstract
Alles schon vorbereitet: Die Struktur eines synthetischen Neomycin-RNA-Schalters (N1) wurde durch NMR-Spektroskopie untersucht. Das Strukturensemble im ligandenfreien Zustand enthält neben weitgehend ungeordneten Strukturen auch eine kompakte Konformation mit Strukturähnlichkeit zum ligandengebundenen Zustand, was auf einen „Conformational-Capture“-Mechanismus der Ligandenbindung hinweist (siehe Schema).
Supporting Information
Detailed facts of importance to specialist readers are published as ”Supporting Information”. Such documents are peer-reviewed, but not copy-edited or typeset. They are made available as submitted by the authors.
Filename | Description |
---|---|
ange_201001339_sm_miscellaneous_information.pdf1.8 MB | miscellaneous_information |
Please note: The publisher is not responsible for the content or functionality of any supporting information supplied by the authors. Any queries (other than missing content) should be directed to the corresponding author for the article.
References
- 1
- 1aA. Serganov, Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 251–259;
- 1bA. Roth, R. R. Breaker, Annu. Rev. Biochem. 2009, 78, 305–334;
- 1cA. D. Garst, R. T. Batey, Biochim. Biophys. Acta Gene Regul. Mech. 2009, 1789, 584–591.
- 2
- 2aG. Werstuck, M. R. Green, Science 1998, 282, 296–298;
- 2bJ. E. Weigand, M. Sanchez, E. B. Gunnesch, S. Zeiher, R. Schroeder, B. Suess, RNA 2008, 14, 89–97;
- 2cS. Topp, J. P. Gallivan, ACS Chem. Biol. 2010, 5, 139–148.
- 3
- 3aD. Grate, C. Wilson, Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 2565–2570;
- 3bI. Harvey, P. Garneau, J. Pelletier, RNA 2002, 8, 452–463;
- 3cB. Suess, S. Hanson, C. Berens, B. Fink, R. Schroeder, W. Hillen, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1853–1858.
- 4
- 4aL. Jiang, A. Majumdar, W. Hu, T. J. Jaishree, W. Xu, D. J. Patel, Structure 1999, 7, 817–827;
- 4bM. G. Wallis, U. von Ahsen, R. Schroeder, M. Famulok, Chem. Biol. 1995, 2, 543–552.
- 5S. R. Schmidtke, E. Duchardt-Ferner, J. E. Weigand, B. Suess, J. Wöhnert, Biomol. NMR Assignments 2010, 4, 115–118.
- 6B. Francois, R. J. Russell, J. B. Murray, F. Aboul-ela, B. Masquida, Q. Vicens, E. Westhof, Nucleic Acids Res. 2005, 33, 5677–5690.
- 7
- 7aL. Jiang, D. J. Patel, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 769–774;
- 7bL. Jiang, A. K. Suri, R. Fiala, D. J. Patel, Chem. Biol. 1997, 4, 35–50.
- 8
- 8aN. Leulliot, G. Varani, Biochemistry 2001, 40, 7947–7956;
- 8bH. M. Al-Hashimi, Chembiochem 2005, 6, 1506–1519;
- 8cQ. Zhang, X. Sun, E. D. Watt, H. M. Al-Hashimi, Science 2006, 311, 653–656;
- 8dQ. Zhang, A. C. Stelzer, C. K. Fisher, H. M. Al-Hashimi, Nature 2007, 450, 1263–1267;
- 8eF. M. Jucker, R. M. Phillips, S. A. McCallum, A. Pardi, Biochemistry 2003, 42, 2560–2567;
- 8fB. F. Volkman, D. Lipson, D. E. Wemmer, D. Kern, Science 2001, 291, 2429–2433.
- 9
- 9aD. J. Klein, T. E. Edwards, A. R. Ferre-D’Amare, Nat. Struct. Biol. 2009, 16, 343–344;
- 9bM. Kang, R. Peterson, J. Feigon, Mol. Cell 2009, 33, 784–790;
- 9cR. C. Spitale, A. T. Torelli, J. Krucinska, V. Bandarian, J. E. Wedekind, J. Biol. Chem. 2009, 284, 11012–11016;
- 9dA. Serganov, A. Polonskaia, A. T. Phan, R. R. Breaker, D. J. Patel, Nature 2006, 441, 1167–1171;
- 9eS. Thore, M. Leibundgut, N. Ban, Science 2006, 312, 1208–1211;
- 9fK. Lang, R. Rieder, R. Micura, Nucleic Acids Res. 2007, 35, 5370–5378.
- 10
- 10aG. R. Zimmermann, R. D. Jenison, C. L. Wick, J. P. Simorre, A. Pardi, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 644–649;
- 10bJ. Flinders, S. C. DeFina, D. M. Brackett, C. Baugh, C. Wilson, T. Dieckmann, ChemBioChem 2004, 5, 62–72.
Citing Literature
This is the
German version
of Angewandte Chemie.
Note for articles published since 1962:
Do not cite this version alone.
Take me to the International Edition version with citable page numbers, DOI, and citation export.
We apologize for the inconvenience.