Review
Single-Cell Sequencing Methodologies: From Transcriptome to Multi-Dimensional Measurement
Yingwen Chen,
Jia Song,
Qingyu Ruan,
Xi Zeng,
Lingling Wu,
Linfeng Cai,
Xuanqun Wang,
Chaoyong Yang,
Yingwen Chen
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorCorresponding Author
Jia Song
Institute of Molecular Medicine, Renji Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, 200127 China
E-mail: [email protected], [email protected]
Search for more papers by this authorQingyu Ruan
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorXi Zeng
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorLingling Wu
Institute of Molecular Medicine, Renji Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, 200127 China
Search for more papers by this authorLinfeng Cai
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorXuanqun Wang
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorCorresponding Author
Chaoyong Yang
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Institute of Molecular Medicine, Renji Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, 200127 China
E-mail: [email protected], [email protected]
Search for more papers by this authorYingwen Chen,
Jia Song,
Qingyu Ruan,
Xi Zeng,
Lingling Wu,
Linfeng Cai,
Xuanqun Wang,
Chaoyong Yang,
Yingwen Chen
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorCorresponding Author
Jia Song
Institute of Molecular Medicine, Renji Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, 200127 China
E-mail: [email protected], [email protected]
Search for more papers by this authorQingyu Ruan
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorXi Zeng
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorLingling Wu
Institute of Molecular Medicine, Renji Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, 200127 China
Search for more papers by this authorLinfeng Cai
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorXuanqun Wang
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Search for more papers by this authorCorresponding Author
Chaoyong Yang
The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, The Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen, 361005 China
Institute of Molecular Medicine, Renji Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, 200127 China
E-mail: [email protected], [email protected]
Search for more papers by this authorAbstract
Cells are the basic building blocks of biological systems, with inherent unique molecular features and development trajectories. The study of single cells facilitates in-depth understanding of cellular diversity, disease processes, and organization of multicellular organisms. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technologies have become essential tools for the interrogation of gene expression patterns and the dynamics of single cells, allowing cellular heterogeneity to be dissected at unprecedented resolution. Nevertheless, measuring at only transcriptome level or 1D is incomplete; the cellular heterogeneity reflects in multiple dimensions, including the genome, epigenome, transcriptome, spatial, and even temporal dimensions. Hence, integrative single cell analysis is highly desired. In addition, the way to interpret sequencing data by virtue of bioinformatic tools also exerts critical roles in revealing differential gene expression. Here, a comprehensive review that summarizes the cutting-edge single-cell transcriptome sequencing methodologies, including scRNA-seq, spatial and temporal transcriptome profiling, multi-omics sequencing and computational methods developed for scRNA-seq data analysis is provided. Finally, the challenges and perspectives of this field are discussed.
Conflict of Interest
The authors declare no conflict of interest.
References
- 1a) A. Olsson, M. Venkatasubramanian, V. K. Chaudhri, B. J. Aronow, N. Salomonis, H. Singh, H. L. Grimes, Nature 2016, 537, 698; b) A. R. Wu, J. Wang, A. M. Streets, Y. Huang, Annu. Rev. Anal. Chem. 2017, 10, 439; c) J. R. Choi, K. W. Yong, J. Y. Choi, A. C. Cowie, Cells 2020, 9, 1130.
- 2a) E. Shapiro, T. Biezuner, S. Linnarsson, Nat. Rev. Genet. 2013, 14, 618; b) B. Pijuan-Sala, C. Guibentif, B. Gottgens, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2018, 19, 399; c) E. Papalexi, R. Satija, Nat. Rev. Immunol. 2018, 18, 35.
- 3a) D. Agarwal, C. Sandor, V. Volpato, T. M. Caffrey, J. Monzon-Sandoval, R. Bowden, J. Alegre-Abarrategui, R. Wade-Martins, C. Webber, Nat. Commun. 2020, 11, 4183; b) W. X. Wang, F. Vilella, P. Alama, I. Moreno, M. Mignardi, A. Isakova, W. Y. Pan, C. Simon, S. R. Quake, Nat. Med. 2020, 26, 1644; c) G. S. Gulati, S. S. Sikandar, D. J. Wesche, A. Manjunath, A. Bharadwaj, M. J. Berger, F. Ilagan, A. H. Kuo, R. W. Hsieh, S. Cai, M. Zabala, F. A. Scheeren, N. A. Lobo, D. L. Qian, F. Q. B. Yu, F. M. Dirbas, M. F. Clarke, A. M. Newman, Science 2020, 367, 405; d) B. Lim, Y. Y. Lin, N. Navin, Cancer Cell 2020, 37, 456; e) D. T. Paik, S. Cho, L. Tian, H. Y. Chang, J. C. Wu, Nat. Rev. Cardiol. 2020, 17, 457; f) C. Kim, R. L. Gao, E. Sei, R. Brandt, J. Hartman, T. Hatschek, N. Crosetto, T. Foukakis, N. E. Navin, Cell 2018, 173, 879; g) J. T. Neal, X. N. Li, J. J. Zhu, V. Giangarra, C. L. Grzeskowiak, J. H. Ju, I. H. Liu, S. H. Chiou, A. A. Salahudeen, A. R. Smith, B. C. Deutsch, L. L. Liao, A. J. Zemek, F. Zhao, K. Karlsson, L. M. Schultz, T. J. Metzner, L. D. Nadauld, Y. Y. Tseng, S. Alkhairy, C. Oh, P. Keskula, D. Mendoza-Villanueva, F. M. De La Vega, P. L. Kunz, J. C. Liao, J. T. Leppert, J. B. Sunwoo, C. Sabatti, J. S. Boehm, W. C. Hahn, G. X. Y. Zheng, M. M. Davis, C. J. Kuo, Cell 2018, 175, 1972.
- 4a) F. C. Tang, C. Barbacioru, Y. Z. Wang, E. Nordman, C. Lee, N. L. Xu, X. H. Wang, J. Bodeau, B. B. Tuch, A. Siddiqui, K. Q. Lao, M. A. Surani, Nat. Methods 2009, 6, 377; b) R. Stark, M. Grzelak, J. Hadfield, Nat. Rev. Genet. 2019, 20, 631.
- 5a) A. A. Kolodziejczyk, J. K. Kim, V. Svensson, J. C. Marioni, S. A. Teichmann, Mol. Cell 2015, 58, 610; b) S. Islam, U. Kjallquist, A. Moliner, P. Zajac, J. B. Fan, P. Lonnerberg, S. Linnarsson, Genome Res. 2011, 21, 1160.
- 6A. E. Saliba, A. J. Westermann, S. A. Gorski, J. Vogel, Nucleic Acids Res. 2014, 42, 8845.
- 7S. Islam, U. Kjallquist, A. Moliner, P. Zajac, J. B. Fan, P. Lonnerberg, S. Linnarsson, Nat. Protoc. 2012, 7, 813.
- 8a) T. Kivioja, A. Vaharautio, K. Karlsson, M. Bonke, M. Enge, S. Linnarsson, J. Taipale, Nat. Methods 2012, 9, 72; b) S. Islam, A. Zeisel, S. Joost, G. L.a Manno, P. Zajac, M. Kasper, P. Lonnerberg, S. Linnarsson, Nat. Methods 2014, 11, 163.
- 9a) U. Mayr, D. Serra, P. Liberali, Development 2019, 146, dev176727; b) E. Lein, L. E. Borm, S. Linnarsson, Science 2017, 358, 64; c) A. E. Moor, S. Itzkovitz, Curr. Opin. Biotechnol. 2017, 46, 126; d) D. J. Burgess, Nat. Rev. Genet. 2019, 20, 317.
- 10a) M. A. P. Baptista, L. Dolken, Nat. Methods 2018, 15, 171; b) E. M. Wissink, A. Vihervaara, N. D. Tippens, J. T. Lis, Nat. Rev. Genet. 2019, 20, 705.
- 11a) T. Stuart, R. Satija, Nat. Rev. Genet. 2019, 20, 257; b) Y. Song, X. Xu, W. Wang, T. Tian, Z. Zhu, C. Yang, Analyst 2019, 144, 3172; c) C. Zhu, S. Preissl, B. Ren, Nat. Methods 2020, 17, 11; d) D. G. Sagar, Annu. Rev. Biomed. Data Sci. 2020, 3, 1.
- 12a) V. Svensson, K. N. Natarajan, L. H. Ly, R. J. Miragaia, C. Labalette, I. C. Macaulay, A. Cvejic, S. A. Teichmann, Nat. Methods 2017, 14, 381; b) C. Ziegenhain, B. Vieth, S. Parekh, B. Reinius, A. Guillaumet-Adkins, M. Smets, H. Leonhardt, H. Heyn, I. Hellmann, W. Enard, Mol. Cell 2017, 65, 631; c) F. L. Liu, Y. Y. Zhang, L. Zhang, Z. Y. Li, Q. Fang, R. R. Gao, Z. M. Zhang, Genome Biol. 2019, 20, 242; d) X. N. Zhang, T. Q. Li, F. Liu, Y. Q. Chen, J. C. Yao, Z. Y. Li, Y. Y. Huang, J. B. Wang, Mol. Cell 2019, 73, 130; e) J. R. Ding, X. Adiconis, S. K. Simmons, M. S. Kowalczyk, C. C. Hession, N. D. Marjanovic, T. K. Hughes, M. H. Wadsworth, T. Burks, L. T. Nguyen, J. Y. H. Kwon, B. Barak, W. Ge, A. J. Kedaigle, S. Carroll, S. Q. Li, N. Hacohen, O. Rozenblatt-Rosen, A. K. Shalek, A. C. Villani, A. Regev, J. Z. Levin, Nat. Biotechnol. 2020, 38, 756; f) E. Mereu, A. Lafzi, C. Moutinho, C. Ziegenhain, D. J. McCarthy, A. Alvarez-Varela, E. Batlle, D. G. Sagar, J. K. Lau, S. C. Boutet, C. Sanada, A. Ooi, R. C. Jones, K. Kaihara, C. Brampton, Y. Talaga, Y. Sasagawa, K. Tanaka, T. Hayashi, C. Braeuning, C. Fischer, S. Sauers, T. Trefzer, C. Conrad, X. Adiconis, L. T. Nguyen, A. Regev, J. Z. Levin, S. Parekh, A. Janjic, L. E. Wange, J. W. Bagnoli, W. Enard, et al., Nat. Biotechnol. 2020, 38, 747.
- 13B. Hwang, J. H. Lee, D. Bang, Exp. Mol. Med. 2018, 50, 1.
- 14D. Ramskold, S. J. Luo, Y. C. Wang, R. Li, Q. L. Deng, O. R. Faridani, G. A. Daniels, I. Khrebtukova, J. F. Loring, L. C. Laurent, G. P. Schroth, R. Sandberg, Nat. Biotechnol. 2012, 30, 777.
- 15a) S. Picelli, A. K. Bjorklund, O. R. Faridani, S. Sagasser, G. Winberg, R. Sandberg, Nat. Methods 2013, 10, 1096; b) S. Picelli, O. R. Faridani, A. K. Bjorklund, G. Winberg, S. Sagasser, R. Sandberg, Nat. Protoc. 2014, 9, 171.
- 16M. Hagemann-Jensen, C. Ziegenhain, P. Chen, D. Ramskold, G. J. Hendriks, A. J. M. Larsson, O. R. Faridani, R. Sandberg, Nat. Biotechnol. 2020, 38, 708.
- 17a) A. P. Patel, I. Tirosh, J. J. Trombetta, A. K. Shalek, S. M. Gillespie, H. Wakimoto, D. P. Cahill, B. V. Nahed, W. T. Curry, R. L. Martuza, D. N. Louis, O. Rozenblatt-Rosen, M. L. Suva, A. Regev, B. E. Bernstein, Science 2014, 344, 1396; b) I. Tirosh, B. Izar, S. M. Prakadan, M. H. Wadsworth, D. Treacy, J. J. Trombetta, A. Rotem, C. Rodman, C. Lian, G. Murphy, M. Fallahi-Sichani, K. Dutton-Regester, J. R. Lin, O. Cohen, P. Shah, D. Lu, A. S. Genshaft, T. K. Hughes, C. G. K. Ziegler, S. W. Kazer, A. Gaillard, K. E. Kolb, A. C. Villani, C. M. Johannessen, A. Y. Andreev, E. M. Van Allen, M. Bertagnolli, P. K. Sorger, R. J. Sullivan, K. T. Flaherty, et al., Science 2016, 352, 189; c) S. V. Puram, I. Tirosh, A. S. Parikh, A. P. Patel, K. Yizhak, S. Gillespie, C. Rodman, C. L. Luo, E. A. Mroz, K. S. Emerick, D. G. Deschler, M. A. Varvares, R. Mylvaganam, O. Rozenblatt-Rosen, J. W. Rocco, W. C. Faquin, D. T. Lin, A. Regev, B. E. Bernstein, Cell. 2017, 171, 1611.
- 18a) A. C. Villani, R. Satija, G. Reynolds, S. Sarkizova, K. Shekhar, J. Fletcher, M. Griesbeck, A. Butler, S. W. Zheng, S. Lazo, L. Jardine, D. Dixon, E. Stephenson, E. Nilsson, I. Grundberg, D. McDonald, A. Filby, W. B. Li, P. L. De Jager, O. Rozenblatt-Rosen, A. A. Lane, M. Haniffa, A. Regev, N. Hacohen, Science 2017, 356, eaah4573; b) C. H. Zheng, L. T. Zheng, J. K. Yoo, H. H. Guo, Y. Y. Zhang, X. Y. Guo, B. X. Kang, R. Z. Hu, J. Y. Huang, Q. M. Zhang, Z. Z. R. Liu, M. H. Dong, X. D. Hu, W. J. Ouyang, J. R. Peng, Z. M. Zhang, Cell 2017, 169, 1342; c) X. Y. Guo, Y. Y. Zhang, L. T. Zheng, C. H. Zheng, J. T. Song, Q. M. Zhang, B. X. Kang, Z. Z. R. Liu, L. Jin, R. Xing, R. R. Gao, L. Zhang, M. H. Dong, X. D. Hu, X. W. Ren, D. Kirchhoff, H. G. Roider, T. S. Yan, Z. M. Zhang, Nat. Med. 2018, 24, 1628; d) Q. M. Zhang, Y. He, N. Luo, S. J. Patel, Y. J. Han, R. R. Gao, M. Modak, S. Carotta, C. Haslinger, D. Kind, G. W. Peet, G. J. Zhong, S. J. Lu, W. H. Zhu, Y. L. Mao, M. M. Xiao, M. Bergmann, X. D. Hu, S. P. Kerkar, A. B. Vogt, S. Pflanz, K. Liu, J. R. Peng, X. W. Ren, Z. M. Zhang, Cell 2019, 179, 829.
- 19T. Hashimshony, N. Senderovich, G. Avital, A. Klochendler, Y. de Leeuw, L. Anavy, D. Gennert, S. Q. Li, K. J. Livak, O. Rozenblatt-Rosen, Y. Dor, A. Regev, I. Yanai, Genome Biol. 2016, 17, 77.
- 20D. A. Jaitin, E. Kenigsberg, H. Keren-Shaul, N. Elefant, F. Paul, I. Zaretsky, A. Mildner, N. Cohen, S. Jung, A. Tanay, I. Amit, Science 2014, 343, 776.
- 21M. Soumillon, D. Cacchiarelli, S. Semrau, A. van Oudenaarden, T. S. Mikkelsen, bioRxiv 2014, https://doi.org/10.1101/003236.
- 22J. W. Bagnoli, C. Ziegenhain, A. Janjic, L. E. Wange, B. Vieth, S. Parekh, J. Geuder, I. Hellmann, W. Enard, Nat. Commun. 2018, 9, 2937.
- 23J. Y. Cao, J. S. Packer, V. Ramani, D. A. Cusanovich, C. Huynh, R. Daza, X. Qiu, C. Lee, S. N. Furlan, F. J. Steemers, A. Adey, R. H. Waterston, C. Trapnell, J. Shendure, Science 2017, 357, 661.
- 24A. B. Rosenberg, C. M. Roco, R. A. Muscat, A. Kuchina, P. Sample, Z. Z. Yao, L. T. Graybuck, D. J. Peeler, S. Mukherjee, W. Chen, S. H. Pun, D. L. Sellers, B. Tasic, G. Seelig, Science 2018, 360, 176.
- 25a) J. Alles, N. Karaiskos, S. D. Praktiknjo, S. Grosswendt, P. Wahle, P. L. Ruffault, S. Ayoub, L. Schreyer, A. Boltengagen, C. Birchmeier, R. Zinzen, C. Kocks, N. Rajewsky, BMC Biol. 2017, 15, 44; b) J. Chen, S. B. Suo, P. P. L. Tam, J. D. J. Han, G. D. Peng, N. H. Jing, Nat. Protoc. 2017, 12, 566.
- 26S. H. Rouhanifard, I. A. Mellis, M. Dunagin, S. Bayatpour, C. N. L. Jiang, I. Dardani, O. Symmons, B. Emert, E. Torre, A. Cote, A. Sullivan, J. A. Stamatoyannopoulos, A. Raj, Nat. Biotechnol. 2019, 37, 102.
- 27S. M. Prakadan, A. K. Shalek, D. A. Weitz, Nat. Rev. Genet. 2017, 18, 345.
- 28A. R. Wu, N. F. Neff, T. Kalisky, P. Dalerba, B. Treutlein, M. E. Rothenberg, F. M. Mburu, G. L. Mantalas, S. Sim, M. F. Clarke, S. R. Quake, Nat. Methods 2014, 11, 41.
- 29S. J. Hosic, S. K. Murthy, A. N. Koppes, Anal. Chem. 2016, 88, 354.
- 30a) V. Sanchez-Freire, A. D. Ebert, T. Kalisky, S. R. Quake, J. C. Wu, Nat. Protoc. 2012, 7, 829; b) A. A. Pollen, T. J. Nowakowski, J. Shuga, X. H. Wang, A. A. Leyrat, J. H. Lui, N. Z. Li, L. Szpankowski, B. Fowler, P. L. Chen, N. Ramalingam, G. Sun, M. Thu, M. Norris, R. Lebofsky, D. Toppani, D. W. Kemp, M. Wong, B. Clerkson, B. N. Jones, S. Q. Wu, L. Knutsson, B. Alvarado, J. Wang, L. S. Weaver, A. P. May, R. C. Jones, M. A. Unger, A. R. Kriegstein, J. A. A. West, Nat. Biotechnol. 2014, 32, 1053.
- 31R. Zilionis, J. Nainys, A. Veres, V. Savova, D. Zemmour, A. M. Klein, L. Mazutis, Nat. Protoc. 2017, 12, 44.
- 32a) E. Z. Macosko, A. Basu, R. Satija, J. Nemesh, K. Shekhar, M. Goldman, I. Tirosh, A. R. Bialas, N. Kamitaki, E. M. Martersteck, J. J. Trombetta, D. A. Weitz, J. R. Sanes, A. K. Shalek, A. Regev, S. A. McCarroll, Cell 2015, 161, 1202; b) A. M. Klein, L. Mazutis, I. Akartuna, N. Tallapragada, A. Veres, V. Li, L. Peshkin, D. A. Weitz, M. W. Kirschner, Cell 2015, 161, 1187; c) X. P. Han, R. Y. Wang, Y. C. Zhou, L. J. Fei, H. Y. Sun, S. J. Lai, A. Saadatpour, Z. M. Zhou, H. D. Chen, F. Ye, D. S. Huang, Y. Xu, W. T. Huang, M. M. Jiang, X. Y. Jiang, J. Mao, Y. Chen, C. Y. Lu, J. Xie, Q. Fang, Y. B. Wang, R. Yue, T. F. Li, H. Huang, S. H. Orkin, G. C. Yuan, M. Chen, G. J. Guo, Cell 2018, 173, 1307.
- 33M. X. Zhang, Y. Zou, X. Xu, X. B. Zhang, M. X. Gao, J. Song, P. F. Huang, Q. Chen, Z. Zhu, W. Lin, R. N. Zare, C. Y. Yang, Nat. Commun. 2020, 586, E11.
- 34Y. H. Cheng, Y. C. Chen, E. Lin, R. Brien, S. Jung, Y. T. Chen, W. Lee, Z. J. Hao, S. Sahoo, H. M. Kang, J. Cong, M. Burness, S. Nagrath, M. S. Wicha, E. Yoon, Nat. Commun. 2019, 10, 2163.
- 35R. Salomon, D. Kaczorowski, F. Valdes-Mora, R. E. Nordon, A. Neild, N. Farbehi, N. Bartonicek, D. Gallego-Ortega, Lab Chip 2019, 19, 1706.
- 36H. S. Moon, K. Je, J. W. Min, D. Park, K. Y. Han, S. H. Shin, W. Y. Park, C. E. Yoo, S. H. Kim, Lab Chip 2018, 18, 775.
- 37M. Biocanin, J. Bues, R. Dainese, E. Amstad, B. Deplancke, Lab Chip 2019, 19, 1610.
- 38W. Stephenson, L. T. Donlin, A. Butler, C. Rozo, B. Bracken, A. Rashidfarrokhi, S. M. Goodman, L. B. Ivashkiv, V. P. Bykerk, D. E. Orange, R. B. Darnell, H. P. Swerdlow, R. Satija, Nat. Commun. 2018, 9, 791.
- 39Y. C. Wang, T. Cao, J. N. Ko, Y. A. Shen, W. Zong, K. W. Sheng, W. J. Cao, S. J. Sun, L. H. Cai, Y. L. Zhou, X. X. Zhang, C. H. Zong, R. Weissleder, D. Weitz, Adv. Sci. 2020, 7, 1903463.
- 40G. X. Y. Zheng, J. M. Terry, P. Belgrader, P. Ryvkin, Z. W. Bent, R. Wilson, S. B. Ziraldo, T. D. Wheeler, G. P. McDermott, J. J. Zhu, M. T. Gregory, J. Shuga, L. Montesclaros, J. G. Underwood, D. A. Masquelier, S. Y. Nishimura, M. Schnall-Levin, P. W. Wyatt, C. M. Hindson, R. Bharadwaj, A. Wong, K. D. Ness, L. W. Beppu, H. J. Deeg, C. McFarland, K. R. Loeb, W. J. Valente, N. G. Ericson, E. A. Stevens, J. P. Radich, T. S. Mikkelsen, B. J. Hindson, J. H. Bielas, Nat. Commun. 2017, 8, 14049.
- 41H. C. Fan, G. K. Fu, S. P. A. Fodor, Science 2015, 347, 1258367.
- 42T. M. Gierahn, M. H. Wadsworth, T. K. Hughes, B. D. Bryson, A. Butler, R. Satija, S. Fortune, J. C. Love, A. K. Shalek, Nat. Methods 2017, 14, 752.
- 43B. Dura, J. Y. Choi, K. Zhang, W. Damsky, D. Thakral, M. Bosenberg, J. Craft, R. Fan, Nucleic Acids Res. 2019, 47, e16.
- 44N. Schaum, J. Karkanias, N. F. Neff, A. P. May, S. R. Quake, T. Wyss-Coray, S. Darmanis, J. Batson, O. Botvinnik, M. B. Chen, S. Chen, F. Green, R. C. Jones, A. Maynard, L. Penland, A. O. Pisco, R. V. Sit, G. M. Stanley, J. T. Webber, F. Zanini, A. S. Baghel, I. Bakerman, I. Bansal, D. Berdnik, B. Bilen, D. Brownfield, C. Cain, M. Cho, G. Cirolia, S. D. Conley, A. Demers, et al., Nature 2018, 562, 367.
- 45N. Crosetto, M. Bienko, A. van Oudenaarden, Nat. Rev. Genet. 2015, 16, 57.
- 46X. Pichon, M. Lagha, F. Mueller, E. Bertrand, Mol. Cell 2018, 71, 468.
- 47S. Nichterwitz, G. Chen, J. A. Benitez, M. Yilmaz, H. Storvall, M. Cao, R. Sandberg, Q. L. Deng, E. Hedlund, Nat. Commun. 2016, 7, 12139.
- 48X. Y. Fan, J. Dong, S. J. Zhong, Y. Wei, Q. Wu, L. Y. Yan, J. Yong, L. Sun, X. Y. Wang, Y. Y. Zhao, W. Wang, J. Yan, X. Q. Wang, J. Qiao, F. C. Tang, Cell Res. 2018, 28, 730.
- 49a) P. L. Stahl, F. Salmen, S. Vickovic, A. Lundmark, J. F. Navarro, J. Magnusson, S. Giacomello, M. Asp, J. O. Westholm, M. Huss, A. Mollbrink, S. Linnarsson, S. Codeluppi, A. Borg, F. Ponten, P. I. Costea, P. Sahlen, J. Mulder, O. Bergmann, J. Lundeberg, J. Frisen, Science 2016, 353, 78; b) F. Salmen, P. L. Stahl, A. Mollbrink, J. F. Navarro, S. Vickovic, J. Frisen, J. Lundeberg, Nat. Protoc. 2018, 13, 2501.
- 50S. G. Rodriques, R. R. Stickels, A. Goeva, C. A. Martin, E. Murray, C. R. Vanderburg, J. Welch, L. L. M. Chen, F. Chen, E. Z. Macosko, Science 2019, 363, 1463.
- 51S. Vickovic, G. Eraslan, F. Salmen, J. Klughammer, L. Stenbeck, D. Schapiro, T. Aijo, R. Bonneau, L. Bergenstrahle, J. F. Navarro, J. Gould, G. K. Griffin, A. Borg, M. Ronaghi, J. Frisen, J. Lundeberg, A. Regev, P. L. Stahl, Nat. Methods 2019, 16, 987.
- 52R. Moncada, D. Barkley, F. Wagner, M. Chiodin, J. C. Devlin, M. Baron, C. H. Hajdu, D. M. Simeone, I. Yanai, Nat. Biotechnol. 2020, 38, 333.
- 53K. H. Chen, A. N. Boettiger, J. R. Moffitt, S. Y. Wang, X. W. Zhuang, Science 2015, 348, aaa6090.
- 54E. Lubeck, L. Cai, Nat. Methods 2012, 9, 743.
- 55E. Lubeck, A. F. Coskun, T. Zhiyentayev, M. Ahmad, L. Cai, Nat. Methods 2014, 11, 360.
- 56S. Shah, Y. Takei, W. Zhou, E. Lubeck, J. Yun, C. H. L. Eng, N. Koulena, C. Cronin, C. Karp, E. J. Liaw, M. Amin, L. Cai, Cell 2018, 174, 363.
- 57C. H. L. Eng, M. Lawson, Q. Zhu, R. Dries, N. Koulena, Y. Takei, J. N. Yun, C. Cronin, C. Karp, G. C. Yuan, L. Cai, Nature 2019, 568, 235.
- 58R. Q. Ke, M. Mignardi, A. Pacureanu, J. Svedlund, J. Botling, C. Wahlby, M. Nilsson, Nat. Methods 2013, 10, 857.
- 59a) J. H. Lee, E. R. Daugharthy, J. Scheiman, R. Kalhor, J. L. Yang, T. C. Ferrante, R. Terry, S. S. F. Jeanty, C. Li, R. Amamoto, D. T. Peters, B. M. Turczyk, A. H. Marblestone, S. A. Inverso, A. Bernard, P. Mali, X. Rios, J. Aach, G. M. Church, Science 2014, 343, 1360; b) J. H. Lee, E. R. Daugharthy, J. Scheiman, R. Kalhor, T. C. Ferrante, R. Terry, B. M. Turczyk, J. L. Yang, H. S. Lee, J. Aach, K. Zhang, G. M. Church, Nat. Protoc. 2015, 10, 442.
- 60S. Alon, D. R. Goodwin, A. Sinha, A. T. Wassie, F. Chen, E. R. Daugharthy, Y. Bando, A. Kajita, A. G. Xue, K. Marrett, R. Prior, Y. Cui, A. C. Payne, C. C. Yao, H. J. Suk, R. Wang, C. C. Yu, P. Tillberg, P. Reginato, N. Pak, S. L. Liu, S. Punthambaker, E. P. R. Iyer, R. E. Kohman, J. A. Miller, E. S. Lein, A. Lako, N. Cullen, S. Rodig, K. Helvie, D. L. Abravanel, N. Wagle, B. E. Johnson, J. Klughammer, M. Slyper, J. Waldman, J. Jane-Valbuena, O. Rozenblatt-Rosen, A. Regev, G. M. Church, A. H. Marblestone, E. S. Boyden, I. Consortium, Science 2021, 371, 481.
- 61X. Wang, W. E. Allen, M. A. Wright, E. L. Sylwestrak, N. Samusik, S. Vesuna, K. Evans, C. Liu, C. Ramakrishnan, J. Liu, G. P. Nolan, F. A. Bava, K. Deisseroth, Science 2018, 361, eaat5691.
- 62M. Rabani, R. Raychowdhury, M. Jovanovic, M. Rooney, D. J. Stumpo, A. Pauli, N. Hacohen, A. F. Schier, P. J. Blackshear, N. Friedman, I. Amit, A. Regev, Cell 2014, 159, 1698.
- 63a) L. S. Churchman, J. S. Weissman, Nature 2011, 469, 368; b) H. Kwak, N. J. Fuda, L. J. Core, J. T. Lis, Science 2013, 339, 950; c) B. Schwalb, M. Michel, B. Zacher, K. Fruhauf, C. Demel, A. Tresch, J. Gagneur, P. Cramer, Science 2016, 352, 1225.
- 64a) D. M. Bhatt, A. Pandya-Jones, A. J. Tong, I. Barozzi, M. M. Lissner, G. Natoli, D. L. Black, S. T. Smale, Cell 2012, 150, 279; b) M. Rabani, J. Z. Levin, L. Fan, X. Adiconis, R. Raychowdhury, M. Garber, A. Gnirke, C. Nusbaum, N. Hacohen, N. Friedman, I. Amit, A. Regev, Nat. Biotechnol. 2011, 29, 436.
- 65a) J. A. Schofield, E. E. Duffy, L. Kiefer, M. C. Sullivan, M. D. Simon, Nat. Methods 2018, 15, 221; b) V. A. Herzog, B. Reichholf, T. Neumann, P. Rescheneder, P. Bhat, T. R. Burkard, W. Wlotzka, A. von Haeseler, J. Zuber, S. L. Ameres, Nat. Methods 2017, 14, 1198; c) C. Riml, T. Amort, D. Rieder, C. Gasser, A. Lusser, R. Micura, Angew. Chem., Int. Ed. 2017, 56, 13479.
- 66G. J. Hendriks, L. A. Jung, A. J. M. Larsson, M. Lidschreiber, O. A. Forsman, K. Lidschreiber, P. Cramer, R. Sandberg, Nat. Commun. 2019, 10, 3138.
- 67J. Y. Cao, W. Zhou, F. Steemers, C. Trapnell, J. Shendure, Nat. Biotechnol. 2020, 38, 980.
- 68Q. Qiu, P. Hu, X. J. Qiu, K. W. Govek, P. G. Camara, H. Wu, Nat. Methods 2020, 17, 991.
- 69N. Battich, J. Beumer, B. de Barbanson, L. Krenning, C. S. Baron, M. E. Tanenbaum, H. Clevers, A. van Oudenaarden, Science 2020, 367, 1151.
- 70S. G. Rodriques, L. L. M. Chen, S. Liu, E. D. Zhong, J. R. Scherrer, E. S. Boyden, F. Chen, Nat. Biotechnol. 2021, 39, 320.
- 71H. L. Drexler, K. Choquet, L. S. Churchman, Mol. Cell 2020, 77, 985.
- 72T. Masuda, R. Sankowski, O. Staszewski, C. Bottcher, L. Amann, C. Scheiwe, S. Nessler, P. Kunz, G. van Loo, V. A. Coenen, P. C. Reinacher, A. Michel, U. Sure, R. Gold, J. Priller, C. Stadelmann, M. Prinz, Nature 2019, 566, 388.
- 73I. C. Macaulay, C. P. Ponting, T. Voet, Trends Genet. 2017, 33, 155.
- 74A. A. Alizadeh, V. Aranda, A. Bardelli, C. Blanpain, C. Bock, C. Borowski, C. Caldas, A. Califano, M. Doherty, M. Elsner, M. Esteller, R. Fitzgerald, J. O. Korbel, P. Lichter, C. E. Mason, N. Navin, D. Pe'er, K. Polyak, C. W. Roberts, L. Siu, A. Snyder, H. Stower, C. Swanton, R. G. Verhaak, J. C. Zenklusen, J. Zuber, J. Zucman-Rossi, Nat. Med. 2015, 21, 846.
- 75L. Chappell, A. J. C. Russell, T. Voet, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2018, 19, 15.
- 76L. Han, X. Zi, L. X. Garmire, Y. Wu, S. M. Weissman, X. Pan, R. Fan, Sci. Rep. 2014, 4, 6485.
- 77J. A. Reuter, D. V. Spacek, R. K. Pai, M. P. Snyder, Nat. Methods 2016, 13, 953.
- 78S. S. Dey, L. Kester, B. Spanjaard, M. Bienko, A. van Oudenaarden, Nat. Biotechnol. 2015, 33, 285.
- 79a) I. C. Macaulay, W. Haerty, P. Kumar, Y. I. Li, T. X. Hu, M. J. Teng, M. Goolam, N. Saurat, P. Coupland, L. M. Shirley, M. Smith, N. Van der Aa, R. Banerjee, P. D. Ellis, M. A. Quail, H. P. Swerdlow, M. Zernicka-Goetz, F. J. Livesey, C. P. Ponting, T. Voet, Nat. Methods 2015, 12, 519; b) I. C. Macaulay, M. J. Teng, W. Haerty, P. Kumar, C. P. Ponting, T. Voet, Nat. Protoc. 2016, 11, 2081.
- 80Y. Hou, H. H. Guo, C. Cao, X. L. Li, B. Q. Hu, P. Zhu, X. L. Wu, L. Wen, F. C. Tang, Y. Y. Huang, J. R. Peng, Cell Res. 2016, 26, 304.
- 81K. Y. Han, K. T. Kim, J. G. Joung, D. S. Son, Y. J. Kim, A. Jo, H. J. Jeon, H. S. Moon, C. E. Yoo, W. Chung, H. H. Eum, S. Kim, H. K. Kim, J. E. Lee, M. J. Ahn, H. O. Lee, D. Park, W. Y. Park, Genome Res. 2018, 28, 75.
- 82Y. Yin, Y. Jiang, K. G. Lam, J. B. Berletch, C. M. Disteche, W. S. Noble, F. J. Steemers, R. D. Camerini-Otero, A. C. Adey, J. Shendure, Mol. Cell 2019, 76, 676.
- 83C. Y. Chen, D. Xing, L. Z. Tan, H. Li, G. Y. Zhou, L. Huang, X. S. Xie, Science 2017, 356, 189.
- 84S. Darmanis, C. J. Gallant, V. D. Marinescu, M. Niklasson, A. Segerman, G. Flamourakis, S. Fredriksson, E. Assarsson, M. Lundberg, S. Nelander, B. Westermark, U. Landegren, Cell Rep. 2016, 14, 380.
- 85a) B. Schwanhausser, D. Busse, N. Li, G. Dittmar, J. Schuchhardt, J. Wolf, W. Chen, M. Selbach, Nature 2011, 473, 337; b) A. Battle, Z. Khan, S. H. Wang, A. Mitrano, M. J. Ford, J. K. Pritchard, Y. Gilad, Science 2015, 347, 664; c) Y. S. Liu, A. Beyer, R. Aebersold, Cell 2016, 165, 535.
- 86J. George, J. Wang, Anal. Chem. 2016, 88, 10309.
- 87V. M. Peterson, K. X. Zhang, N. Kumar, J. Wong, L. X. Li, D. C. Wilson, R. Moore, T. K. McClanahan, S. Sadekova, J. A. Klappenbach, Nat. Biotechnol. 2017, 35, 936.
- 88M. Stoeckius, C. Hafemeister, W. Stephenson, B. Houck-Loomis, P. K. Chattopadhyay, H. Swerdlow, R. Satija, P. Smibert, Nat. Methods 2017, 14, 865.
- 89J. P. Gerlach, J. A. G. van Buggenum, S. E. J. Tanis, M. Hogeweg, B. M. H. Heuts, M. J. Muraro, L. Elze, F. Rivello, A. Rakszewska, A. van Oudenaarden, W. T. S. Huck, H. G. Stunnenberg, K. W. Mulder, Sci. Rep. 2019, 9, 1469.
- 90M. O'Huallachain, F. A. Bava, M. Shen, C. Dallett, S. Paladugu, N. Samusik, S. Yu, R. Hussein, G. R. Hillman, S. Higgins, M. Lou, A. Trejo, L. Qin, Y. C. Tai, S. M. Kinoshita, A. Jager, D. Lashkari, Y. Goltsev, S. Ozturk, G. P. Nolan, Commun. Biol. 2020, 3, 279.
- 91G. Kelsey, O. Stegle, W. Reik, Science 2017, 358, 69.
- 92Y. J. Hu, K. Huang, Q. An, G. Z. Du, G. L. Hu, J. F. Xue, X. M. Zhu, C. Y. Wang, Z. G. Xue, G. P. Fan, Genome Biol. 2016, 17, 88.
- 93a) H. S. Guo, P. Zhu, X. L. Wu, X. L. Li, L. Wen, F. C. Tang, Genome Res. 2013, 23, 2126; b) H. S. Guo, P. Zhu, F. Guo, X. L. Li, X. L. Wu, X. Y. Fan, L. Wen, F. C. Tang, Nat. Protoc. 2015, 10, 645.
- 94a) C. Angermueller, S. J. Clark, H. J. Lee, I. C. Macaulay, M. J. Teng, T. X. Hu, F. Krueger, S. A. Smallwood, C. P. Ponting, T. Voet, G. Kelsey, O. Stegle, W. Reik, Nat. Methods 2016, 13, 229; b) S. A. Smallwood, H. J. Lee, C. Angermueller, F. Krueger, H. Saadeh, J. Peet, S. R. Andrews, O. Stegle, W. Reik, G. Kelsey, Nat. Methods 2014, 11, 817.
- 95C. Luo, H. Liu, B.-A. Wang, A. Bartlett, A. Rivkin, J. R. Nery, J. R. Ecker, bioRxiv 2018, https://doi.org/10.1101/434845.
- 96J. Y. Cao, D. A. Cusanovich, V. Ramani, D. Aghamirzaie, H. A. Pliner, A. J. Hill, R. M. Daza, J. L. McFaline-Figueroa, J. S. Packer, L. Christiansen, F. J. Steemers, A. C. Adey, C. Trapnell, J. Shendure, Science 2018, 361, 1380.
- 97C. X. Zhu, M. Yu, H. Huang, I. Juric, A. Abnousi, R. Hu, J. Lucero, M. M. Behrens, M. Hu, B. Ren, Nat. Struct. Mol. Biol. 2019, 26, 1063.
- 98S. Chen, B. B. Lake, K. Zhang, Nat. Biotechnol. 2019, 37, 1452.
- 99E. P. Mimitou, A. Cheng, A. Montalbano, S. Hao, M. Stoeckius, M. Legut, T. Roush, A. Herrera, E. Papalexi, Z. Q. Ouyang, R. Satija, N. E. Sanjana, S. B. Koralov, P. Smibert, Nat. Methods 2019, 16, 409.
- 100a) L. Y. Tian, X. Y. Dong, S. Freytag, K. A. Le Cao, S. A. Su, A. JalalAbadi, D. Amann-Zalcenstein, T. S. Weber, A. Seidi, J. S. Jabbari, S. H. Naik, M. E. Ritchie, Nat. Methods 2019, 16, 479; b) B. Vieth, S. Parekh, C. Ziegenhain, W. Enard, I. Hellmann, Nat. Commun. 2019, 10, 4667; c) M. Krzak, Y. Raykov, A. Boukouvalas, L. Cutillo, C. Angelini, Front. Genet. 2019, 10, 1253; d) L. Zhang, S. Zhang, IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2020, 17, 376.
- 101A. Haque, J. Engel, S. A. Teichmann, T. Lönnberg, Genome Med. 2017, 9, 75.
- 102W. Gong, I. Y. Kwak, P. Pota, N. Koyano-Nakagawa, D. J. Garry, BMC Bioinf. 2018, 19, 220.
- 103a) S. L. Wolock, R. Lopez, A. M. Klein, Cell Syst. 2019, 8, 281; b) C. S. McGinnis, L. M. Murrow, Z. J. Gartner, Cell Syst. 2019, 8, 329.
- 104S. C. Hicks, F. W. Townes, M. Teng, R. A. Irizarry, Biostatistics 2018, 19, 562.
- 105a) A. Butler, P. Hoffman, P. Smibert, E. Papalexi, R. Satija, Nat. Biotechnol. 2018, 36, 411; b) L. Haghverdi, A. T. L. Lun, M. D. Morgan, J. C. Marioni, Nat. Biotechnol. 2018, 36, 421; c) M. Büttner, Z. Miao, F. A. Wolf, S. A. Teichmann, F. J. Theis, Nat. Methods 2018, 16, 43; d) U. Shaham, K. P. Stanton, J. Zhao, H. Li, K. Raddassi, R. Montgomery, Y. Kluger, Bioinformatics 2017, 33, 2539.
- 106a) C. A. Vallejos, D. Risso, A. Scialdone, S. Dudoit, J. C. Marioni, Nat. Methods 2017, 14, 565; b) R. Bacher, C. Kendziorski, Genome Biol. 2016, 17, 63; c) R. Bacher, L.-F. Chu, N. Leng, A. P. Gasch, J. A. Thomson, R. M. Stewart, M. Newton, C. Kendziorski, Nat. Methods 2017, 14, 584.
- 107a) V. Marx, Nat. Methods 2018, 15, 397; b) C. Soneson, M. D. Robinson, Nat. Methods 2018, 15, 255.
- 108a) A. A. Kolodziejczyk, J. K. Kim, J. C. H. Tsang, T. Ilicic, J. Henriksson, K. N. Natarajan, A. C. Tuck, X. Gao, M. Buehler, P. Liu, J. C. Marioni, S. A. Teichmann, Cell Stem Cell 2015, 17, 471; b) P. Brennecke, S. Anders, J. K. Kim, A. A. Kolodziejczyk, X. Zhang, V. Proserpio, B. Baying, V. Benes, S. A. Teichmann, J. C. Marioni, M. G. Heisler, Nat. Methods 2013, 10, 1093.
- 109R. Satija, J. A. Farrell, D. Gennert, A. F. Schier, A. Regev, Nat. Biotechnol. 2015, 33, 495.
- 110C. A. Vallejos, J. C. Marioni, S. Richardson, PLoS Comput. Biol. 2015, 11, e1004333.
- 111T. S. Andrews, M. Hemberg, I. Birol, Bioinformatics 2019, 35, 2865.
- 112J. Fan, N. Salathia, R. Liu, G. E. Kaeser, Y. C. Yung, J. L. Herman, F. Kaper, J.-B. Fan, K. Zhang, J. Chun, P. V. Kharchenko, Nat. Methods 2016, 13, 241.
- 113J. Song, Y. Liu, X. Zhang, Q. Wu, J. Gao, W. Wang, J. Li, Y. Song, C. Yang, Nucleic Acids Res. 2020, 49, e18.
- 114L. Jiang, H. Chen, L. Pinello, G. C. Yuan, Genome Biol. 2016, 17, 144.
- 115R. Bellman, Courier Corporation, Dynamic programming, Chelmsford, MA 2003.
- 116J. B. Tenenbaum, V. de Silva, J. C. Langford, Science 2000, 290, 2319.
- 117a) V. Y. Kiselev, K. Kirschner, M. T. Schaub, T. Andrews, A. Yiu, T. Chandra, K. N. Natarajan, W. Reik, M. Barahona, A. R. Green, M. Hemberg, Nat. Methods 2017, 14, 483; b) J. Zurauskiene, C. Yau, BMC Bioinf. 2016, 17, 140; c) P. Lin, M. Troup, J. W. K. Ho, Genome Biol. 2017, 18, 59.
- 118D. Kobak, P. Berens, Nat. Commun. 2019, 10, 5416.
- 119a) S. H. Yip, P. Wang, J. A. Kocher, P. C. Sham, J. Wang, Nucleic Acids Res. 2017, 45, 13097; b) X. Qiu, A. Hill, J. Packer, D. Lin, Y.-A. Ma, C. Trapnell, Nat. Methods 2017, 14, 309.
- 120a) L. Zhu, J. Lei, L. Klei, B. Devlin, K. Roeder, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2019, 116, 466; b) M. Chen, X. Zhou, Sci. Rep. 2017, 7, 13587; c) G. P. Way, C. S. Greene, Nat. Methods 2018, 15, 1009; d) A. Senabouth, S. W. Lukowski, J. A. Hernandez, S. B. Andersen, X. Mei, Q. H. Nguyen, J. E. Powell, Gigascience 2019, 8, giz087.
- 121a) E. Pierson, C. Yau, Genome Biol. 2015, 16, 241; b) D. Risso, F. Perraudeau, S. Gribkova, S. Dudoit, J.-P. Vert, Nat. Commun. 2018, 9, 284.
- 122S. Sun, J. Zhu, Y. Ma, X. Zhou, Genome Biol. 2019, 20, 269.
- 123a) A. T. Lun, D. J. McCarthy, J. C. Marioni, F1000Research 2016, 5, 2122; b) D. Grun, M. J. Muraro, J. C. Boisset, K. Wiebrands, A. Lyubimova, G. Dharmadhikari, M. van den Born, J. van Es, E. Jansen, H. Clevers, E. J. P. de Koning, A. van Oudenaarden, Cell Stem Cell 2016, 19, 266; c) H. Li, E. T. Courtois, D. Sengupta, Y. Tan, K. H. Chen, J. J. L. Goh, S. L. Kong, C. Chua, L. K. Hon, W. S. Tan, M. Wong, P. J. Choi, L. J. K. Wee, A. M. Hillmer, I. B. Tan, P. Robson, S. Prabhakar, Nat. Genet. 2017, 49, 708.
- 124B. Wang, J. Zhu, E. Pierson, D. Ramazzotti, S. Batzoglou, Nat. Methods 2017, 14, 414.
- 125A. Zeisel, A. B. Munoz-Manchado, S. Codeluppi, P. Lonnerberg, G. L.a Manno, A. Jureus, S. Marques, H. Munguba, L. Q. He, C. Betsholtz, C. Rolny, G. Castelo-Branco, J. Hjerling-Leffler, S. Linnarsson, Science 2015, 347, 1138.
- 126a) M. Jiang, Z. J. Shen, J. Wang, Z. Shuai, X. Yin, IEEE J. Electron Devices Soc. 2016, 4, 144; b) J. N. Campbell, E. Z. Macosko, H. Fenselau, T. H. Pers, A. Lyubetskaya, D. Tenen, M. Goldman, A. M. J. Verstegen, J. M. Resch, S. A. McCarroll, E. D. Rosen, B. B. Lowell, L. T. Tsai, Nat. Neurosci. 2017, 20, 484.
- 127J. H. Levine, E. F. Simonds, S. C. Bendall, K. L. Davis, E.-a. D. Amir, M. D. Tadmor, O. Litvin, H. G. Fienberg, A. Jager, E. R. Zunder, R. Finck, A. L. Gedman, I. Radtke, J. R. Downing, D. Pe'er, G. P. Nolan, Cell 2015, 162, 184.
- 128C. Xu, Z. Su, Bioinformatics 2015, 31, 1974.
- 129a) S. Sun, J. Zhu, X. Zhou, Nat. Methods 2020, 17, 193; b) V. Svensson, S. A. Teichmann, O. Stegle, Nat. Methods 2018, 15, 343; c) Q. Nguyen, M. Tran, A. Su, X. Tan, A. Mathelier, Bioinformatics 2020, 36, 4432.
- 130a) J. Chen, A. Schlitzer, S. Chakarov, F. Ginhoux, M. Poidinger, Nat. Commun. 2016, 7, 11988; b) Z. Ji, H. Ji, Nucleic Acids Res. 2016, 44, e117; c) L. S. Ludwig, C. A. Lareau, J. C. Ulirsch, E. Christian, C. Muus, L. H. Li, K. Pelka, W. Ge, Y. Oren, A. Brack, T. Law, C. Rodman, J. H. Chen, G. M. Boland, N. Hacohen, O. Rozenblatt-Rosen, M. J. Aryee, J. D. Buenrostro, A. Regev, V. G. Sankaran, Cell 2019, 176, 1325.
- 131A. Ma, A. McDermaid, J. Xu, Y. Chang, Q. Ma, Trends Biotechnol. 2020, 38, 1007.
- 132a) A. Byrne, A. E. Beaudin, H. E. Olsen, M. Jain, C. Cole, T. Palmer, R. M. DuBois, E. C. Forsberg, M. Akeson, C. Vollmers, Nat. Commun. 2017, 8, 16027. b) I. Gupta, P. G. Collier, B. Haase, A. Mahfouz, A. Joglekar, T. Floyd, F. Koopmans, B. Barres, A. B. Smit, S. A. Sloan, W. J. Luo, O. Fedrigo, M. E. Ross, H. U. Tilgner, Nat. Biotechnol. 2018, 36, 1197; c) P. T. Ranum, A. T. Goodwin, H. Yoshimura, D. L. Kolbe, W. D. Walls, J. Y. Koh, D. Z. Z. He, R. J. H. Smith, Cell Rep. 2019, 26, 3160; d) M. Singh, G. Al-Eryani, S. Carswell, J. M. Ferguson, J. Blackburn, K. Barton, D. Roden, F. Luciani, T. G. Phan, S. Junankar, K. Jackson, C. C. Goodnow, M. A. Smith, A. Swarbrick, Nat. Commun. 2019, 10, 3120.
