Considerations for performing companion animal skin microbiome studies
Abstract
enThe microbiome field has grown significantly in the past decade, and published studies have provided an overview of the microorganisms inhabiting the skin of companion animals. With the continued growth and interest in this field, concerns have been raised regarding sample collection methods, reagent contamination, data processing and environmental factors that may impair data interpretation (especially as related to low-biomass skin samples). In order to assure transparency, it is important to report all steps from sample collection to data analysis, including use of proper controls, and to make sequence data and sample metadata publicly available. Whilst interstudy variation will continue to exist, efforts to standardise methods will reduce confounding variables, and allow for reproducibility and comparability of results between studies. Companion animal microbiome studies often include clinical cases, and small sample sizes may result in lack of statistical significance within small datasets. The ability to combine results from standardised studies through meta-analyses would mitigate the limitations of these smaller studies, providing for more robust interpretation of results which could then inform clinical decisions. In this narrative review, we aim to present considerations for designing a study to evaluate the skin microbiome of companion animals, from conception to data analysis.
Zusammenfassung
deDas Gebiet der Mikrobiome ist im letzten Jahrzehnt signifikant gewachsen und publizierte Studien bieten einen Überblick über die Mikroorganismen, die die Haut von Haustieren bewohnen. Mit dem zunehmenden Wachstum und Interesse in diesem Gebiet haben sich Bedenken ergeben in Bezug auf die Methode der Probenahmen, Kontaminierung von Reagenzien, Datenverarbeitung und Umweltfaktoren, die die Dateninterpretation beeinträchtigen könnten (vor allem im Zusammenhang mit Hautproben von niedriger Biomasse). Um Transparenz sicherzustellen ist es wichtig, dass alle Schritte von der Probenahme bis zur Datenanalyse samt Einsatz angemessener Kontrollen beschrieben, sowie Sequenzdaten und Metadaten der Proben öffentlich zugänglich gemacht werden. Während eine Variation zwischen den Studien bestehen bleiben wird, sollten Bemühungen zur Standardisierung der Methoden Störfaktoren der Variablen reduzieren und die Reproduzierbarkeit und die Vergleichbarkeit der Ergebnisse zwischen den Studien ermöglichen. Mikrobiom Studien von Haustieren beinhalten oft klinische Fälle und eine kleine Probengröße könnte zu mangelnder statistischer Signifikanz in kleinen Datensets führen. Die Möglichkeit Ergebnisse von standardisierten Studien mittels Meta-Analyse zu kombinieren, würde die Limitierungen dieser kleineren Studien mildern, was eine aussagekräftigere Interpretation der Ergebnisse ermöglicht, was dann wiederum klinische Entscheidungen leiten könnte. In dieser erzählerischen Review war es unser Ziel Überlegungen zum Design von Studien zu präsentieren, welche das Haut Mikrobiom von Haustieren von der Idee bis zur Datenanalyse evaluieren.
摘要
zh微生物组领域在过去十年中显著发展，已发表的研究概述了栖息在伴侣动物皮肤上的微生物。随着该领域的持续增长和兴趣，人们对样本采集方法、试剂污染、数据处理和可能影响数据解释的环境因素(尤其是与低生物量皮肤样本有关的因素)表示担忧。为了确保透明度，重要的是报告从样本收集到数据分析的所有步骤，包括使用适当的控制措施，并公开序列数据和样本元数据。虽然研究间的差异将继续存在，但标准化方法的努力将减少混杂变量，并允许研究之间结果的再现性和可比性。伴侣动物微生物组研究通常包括临床病例，小样本量可能导致小数据集缺乏统计学意义。通过荟萃分析将标准化研究的结果结合起来的能力将减轻这些小型研究的局限性，为结果提供更有力的解释，从而为临床决策提供信息。在这篇叙述性综述中，我们旨在提出设计一项研究的考虑因素，从概念到数据分析，以评估伴侣动物的皮肤微生物组。
Résumé
frLe domaine du microbiome s'est considérablement développé au cours de la dernière décennie, et les études publiées fournisse une vue d'ensemble des micro-organismes présents sur la peau des animaux de compagnie. Avec la croissance continue et l'intérêt concernant ce domaine, des interrogations ont été soulevées concernant les méthodes de collecte des échantillons, la contamination des réactifs, le traitement des données et les facteurs environnementaux qui peuvent nuire à l'interprétation des données (en particulier en ce qui concerne les échantillons de peau à faible biomasse). Dans un souci de transparence, il est important de rendre compte de toutes les étapes, de la collecte des échantillons à l'analyse des données, y compris l'utilisation de contrôles appropriés, et de rendre les données séquentielles et les métadonnées des échantillons accessibles au public. Même s'il y existe toujours des variations entre les études, les efforts de normalisation des méthodes réduiront les variables confusionnelles et permettront la reproductibilité et la comparabilité des résultats entre les études. Les études sur le microbiome des animaux de compagnie incluent souvent des cas cliniques, et la petite taille des échantillons peut entraîner un manque de signification statistique dans les petits ensembles de données. La possibilité de combiner les résultats d'études standardisées par le biais de méta-analyses atténuerait les limites de ces petites études et permettrait une interprétation plus solide des résultats, qui pourrait alors éclairer les décisions cliniques. Dans cette revue narrative, nous visons à présenter les considérations relatives à la conception d'une étude destinée à évaluer le microbiome cutané des animaux de compagnie, depuis la conception jusqu'à l'analyse des données.
要約
jaマイクロバイオーム領域は過去10年間で大きく発展し、コンパニオンアニマルの皮膚に生息する微生物の概要に関する研究が発表されている。この分野の継続的な成長と関心に伴い、サンプル採取方法、試薬の汚染、データ処理、およびデータの解釈を損なう環境要因(特に生物量の少ない皮膚サンプルに関するもの)に関する懸念が提起されている。透明性を確保するためには、適切な管理方法の使用を含め、サンプル採取からデータ解析までの全工程を報告し、配列データとサンプルのメタデータを一般公開することが重要である。研究間のばらつきは存在し続けるが、方法を標準化する努力は交絡変数を減らし、研究間の結果の再現性と比較可能性を可能にする。コンパニオンアニマルのマイクロバイオーム研究においては、臨床例が含まれることが多く、サンプルサイズが小さいため、小さなデータセットでは統計的有意性に欠けることがある。メタアナリシスによって標準化された研究の結果を組み合わせることができれば、このような小規模な研究の限界を緩和し、臨床的判断に役立つ、より信頼性の高い結果の解釈が可能になる。このナラティブ・レビューでは、コンパニオンアニマルの皮膚マイクロバイオームを評価するための研究を、構想からデータ解析に至るまでデザインする際の留意点を提示することを目的としている。
Resumo
ptA área dos estudos do microbioma cresceu significativamente na última década e trabalhos publicados forneceram uma visão geral dos microrganismos que habitam a pele de animais de companhia. Com crescimento do interesse neste campo, surgiram preocupações em relação aos métodos de coleta de amostras, contaminação de reagentes, processamento de dados e fatores ambientais que podem prejudicar a interpretação dos dados (especialmente no que diz respeito a amostras de pele com baixa biomassa). Para garantir a transparência, é importante relatar todas as etapas desde a coleta da amostra até a análise dos dados, incluindo o uso de controles adequados, e disponibilizar publicamente os dados da sequência e os metadados da amostra. Embora a variação entre estudos continue a existir, os esforços para padronizar os métodos reduzirão as variáveis de confusão e permitirão a reprodutibilidade e a comparabilidade dos resultados entre os estudos. Os estudos de microbioma de animais de companhia geralmente incluem casos clínicos, e amostras pequenas podem resultar na ausência de significância estatística em bases de dados pequenas. A capacidade de combinar resultados de estudos padronizados através de meta-análises reduziria as limitações destes estudos menores, proporcionando uma interpretação mais robusta dos resultados que poderiam então influenciar as condutas clínicas. Nesta revisão narrativa, pretendemos apresentar considerações para o delineamento de estudos de microbioma cutâneo de animais de companhia, desde a concepção até a análise dos dados.
RESUMEN
esEl campo del microbioma ha crecido significativamente en la última década y los estudios publicados han proporcionado una visión general de los microorganismos que habitan en la piel de los animales de compañía. Con el continuo crecimiento e interés en este campo, han surgido preocupaciones con respecto a los métodos de recolección de muestras, la contaminación de los reactivos, el procesamiento de datos y los factores ambientales que pueden afectar la interpretación de los datos (especialmente en relación con las muestras de piel de baja biomasa). Para garantizar la transparencia, es importante informar todos los pasos desde la recolección de muestras hasta el análisis de datos, incluido el uso de controles adecuados, y hacer que los datos de secuencia y los metadatos de muestras estén disponibles públicamente. Si bien seguirá existiendo variación entre estudios, los esfuerzos para estandarizar los métodos reducirán las variables de confusión y permitirán la reproducibilidad y comparabilidad de los resultados entre los estudios. Los estudios del microbioma de animales de compañía a menudo incluyen casos clínicos, y los tamaños de muestra pequeños pueden resultar en una falta de significancia estadística dentro de conjuntos de datos pequeños. La capacidad de combinar resultados de estudios estandarizados a través de metanálisis mitigaría las limitaciones de estos estudios más pequeños, proporcionando una interpretación más sólida de los resultados que luego podría informar las decisiones clínicas. En esta revisión narrativa, nuestro objetivo es presentar consideraciones para diseñar un estudio para evaluar el microbioma de la piel de animales de compañía, desde la concepción hasta el análisis de los datos.
CONFLICT OF INTEREST STATEMENT
The authors declare no conflict of interest.
